O IJC possui a seguinte estrutura organizacional:
Assembléia Geral
A Assembléia Geral, constituída por seus sócios efetivos, é o órgão máximo de avaliação, planejamento e deliberação do IJC:
Adriano Bento Andrade - Fortaleza-CE
Álvaro Luiz Pantoja Leite - Recife-PE
Ana Paula Lima do Vale - Sobral-CE
Camila da Silva Silveira - Fortaleza-CE
David Barros Araújo - Fortaleza-CE
Dyhonanthan Bessa Lopes - Fortaleza-CE
Edson Ferreira Lima - Juazeiro do Norte-CE
Francisca Kátia de Sousa Silva - Fortaleza-CE
Francisca Marineide Marques Sombra - Fortaleza-CE
Francisco Rodrigo Josino Amaral - Fortaleza-CE
Francisco Silva Lima - Iguatu-CE
Francisco Silva de Sousa (Chiquinho) - Sobral-CE
Gleicione Reis de Sousa - Fortaleza-CE
Hélio Castro Lima Junior - Fortaleza-CE
Italo Beethoven Pereira Correia - Fortaleza-CE
João Frederico Chagas Maranhão - Fortaleza-CE
Josair de Araújo Sousa - Fortaleza-CE
José Ivo de Sousa - Fortaleza-CE
Luciana Camila dos Santos Brandão - Fortaleza-CE
Lucimeire Araújo de Souza - Fortaleza-CE
Marcos Paulo Campos Cavalcante de Mello - Fortaleza-CE
Manoel Fábio Mendes Pereira - Fortaleza-CE
Mª Madalena de Paula Gonçalves Américo de Sousa - Fortaleza-CE
Maria Nayde de Magalhães Macedo - Fortaleza-CE
Mário Alberto Mapurunga Júnior - Fortaleza-CE
Marta Pereira da Silva - Fortaleza-CE
Paula Candice Américo de Sousa - Fortaleza-CE
Rita Angélica Pereira da Costa - Fortaleza-CE
Silvia Maria Vieira dos Santos - Fortaleza-CE
Soraia Carla Padilha - Fortaleza-CE
Thiago de Freitas Ramalho - Fortaleza-CE
Roberta Cavalcante de França - Fortaleza-CE
João Ary Diógenes da Costa Amorim - Fortaleza-CE
Germano de Lima Santos - Fortaleza-CE
Wikaro RamonLucena de Lima - Fortaleza-CE
Marilene Menezes Santos - Fortaleza-CE
Maik dos Santos Barbosa - Fortaleza-CE
Conselho Diretor
O Conselho Diretor é formado por três membros e um suplente e é responsável pela coordenação política do instituto:
Diretor Presidente: Rodrigo Amaral
Diretora Financeira: Silvia Maria Vieira
Diretor de Programas: Marcos Paulo Campos
Conselho Fiscal
Adriano Bento, Edson Ferreira e Francisco Silva
Coordenação Executiva
Camila Brandão
Rafael Mesquita
Educadores
Hanoy Barroso
Administrador Financeiro
Fábio Mendes
Articuladoras Sociais
Débora Marjorie
Luizete Vicente
Apoio Administrativo
Maik Santos