O departamento de Pesquisa do Centro de Ensino, Pesquisa e Inovação do Instituto Jô Clemente tem como objetivos desenvolver e propor temas para pesquisa, estabelecer convênios e parcerias com universidades, validar propostas de cursos, orientar alunos de pós-graduação stricto-sensu e lato-sensu, fomentar a reflexão a propósito da prática da pesquisa científica e das metodologias científicas, quanto às linhas de pesquisa da instituição.
Para isso, o departamento de Pesquisa do Centro de Ensino, Pesquisa e Inovação do Instituto Jô Clemente conta com uma equipe altamente gabaritada, um Conselho Científico atuante.
O departamento lança semestralmente edital para interessados em realizar estágio nas dependências do Instituto Jô Clemente, sob supervisão da equipe.
Para o próximo ano, o projeto de Iniciação Científica deve ser lançado, mais um incentivo a jovens pesquisadores, que terão como mentores grandes mestres das diversas áreas do conhecimento que se cruzem com o tema da deficiência intelectual.