O Centro de Ensino, Pesquisa e Inovação do Instituto Jô Clemente tem como uma de suas atuações Projetos em parceria com órgãos públicos, Instituições de Ensino e Pesquisa para capacitação da Rede Pública e Organizações Sociais, ou ainda Pesquisas em parceria como busca de dados atualizados como forma de dar consistência às suas ações no âmbito da deficiência intelectual.